Tác phẩm của Vũ Duy Thanh hiện còn:

• Trừng phủ thi văn tập
• Chế khoa Bảng nhãn Vũ Duy Thanh tập
• Bồng Châu thi văn tập
• Bồng Châu Vũ tiên sinh thi văn

Trích giới thiệu một bài thơ yêu nước của ông:

Gửi sĩ phu Nam Kỳ [9]Nam Bắc đâu đâu cũng một trời,Tấc vàng, tấc đất, hỡi ai ơi!Trăm năm công đức nên ghi dạ,Một gánh cương thường phải ghé vai.Sự thế ngán thay cơn gió bụi,Anh hùng bao quản bước chông gai.Hoài Nam khúc cũ ai còn nhớ,Còn nhớ cùng nhau họa mấy bài[1].

Hiện nay Viện Nghiên cứu Hán Nôm còn lưu giữ hai tác phẩm của Vũ Duy Thanh, đó là:

• Bồng Châu thi văn tập (ký hiệu A, 1043) gồm 3 quyển. Quyển 1 có 124 bài thơ, nội dung tiễn tặng bạn bè, mừng thi đỗ, mừng thọ, vịnh cảnh thiên nhiên và di tích Hoa Lư… Quyển II là văn tập, gồm 21 bài trướng như mừng Phan Hy Tăng được thăng Quang Lộc Tự Khanh mừng bạn về hưu… Quyển III gồm 18 bài tạp ký, phê phán bài Linh Tế tháp ký của Trương Hán Siêu, bài xích đạo Gia Tô, bác bỏ những tà giáo, dị đoan…
• Bồng Châu Vũ tiên sinh thi văn (ký hiệu VHV 422), tập hợp những bài thơ, phú, luận, văn sách của Vũ Duy Thanh trong các kỳ thi. Có bài chiếu của Tự Đức nhân việc mở chế khoa, và văn tế, câu đối đám tang bố vợ ông, câu đối mừng ông đỗ Bảng nhãn…